В Московском НИИ психиатрии проводится подготовка врачей в клинической ординатуре (по специальностям «психиатрия», «психотерапия», «сексология») и аспирантуре (по специальностям «психиатрия» и «медицинская психология»), а также осуществляется программа дополнительного образования врачей по трем направлениям:

• профессиональная переподготовка по психиатрии, психотерапии, сексологии
• сертификационные циклы по психиатрии, психотерапии, сексологии (в том числе выездные сертификационные циклы по психиатрии и психотерапии)
• тематическое усовершенствование по отдельным темам в области:
  • психиатрии (психофармакология, электросудорожная терапия, наркология, суицидология, эпилептология, психиатрия детского и подросткового возраста, нейрофизиология, социальная работа в психиатрии)
  • психотерапии (методология психотерапии, гипнотерапия, психодинамическая психотерапия, когнитивно-поведенческая психотерапия, экзистенциальная и семейная психотерапия)
  • сексологии

В рамках тематического усовершенствования имеются программы обучения специалистов первичного звена здравоохранения (обучение основам психиатрии и психофармакотерапии, а также коммуникативным навыкам в работе с пациентами)